Eftersom de inte visste hur långt den norra delen av landet sträckte sig ankom jesuiterna till Chihuahua. På 1600-talet bildades det nuvarande tillståndet i dess sydvästra del av det som kallades Chínipas-regionen, medan resten av territoriet delades mellan övre och nedre Tarahumara.
De första försöken att evangelisera Chihuahua kom från Jesuiternas resor, som tidigare hade bosat sig i delstaten Sinaloa. Den första som byggdes i regionen var den som uppfördes av fader Juan Castini 1621 och känd som Chínipas-uppdraget.
Jesuiterna arbetade i bergen bland indianerna Tepehuanes, Guazaparas och Tarahumara, medan franciskanerna arbetade i dalarna och slätterna. Den första stabila missionären i Chínipas-regionen var jesuitfadern Julio Pascual, martyrdöd 1632 tillsammans med fader Manuel Martínez. År 1680 gav Fray Juan María Salvatierra en kraftfull impuls till uppdraget som konsoliderades under åren 1690 och 1730. I mitten av 1600-talet blev jesuituppdraget i Chínipas-regionen en av de bäst organiserade och avancerade.
I söder låg Nabogame där du fortfarande kan se kyrkan, kurator och missionshus som fader Miguel Wiytz byggde 1744. Baborigame Satevo ligger i samma område, som fick ny kraft med administrationen av fader Luis Martín. och Tubares, grundades 1699 av fader Manuel Ordaz och återupplivades av administrationen av historikern Félix Sebastián. Den senare ansågs vara en av de mest välbärgade i kyrka, hus, boskap och gårdar. I mitten finns uppdragen i Cerocahui, Guazapares, Chínipas, Santa Ana och i norr Babarocos och Moris.
Området Tarahumara Baja evangeliserades först av fader Juan Fonte, som gjorde sin första entré 1608. År 1639 byggde fader Jerónimo Figueroa uppdraget för San Pablo Balleza och Huejotitán (San Jerónimo), samtidigt som fader José Pascual byggde San Felipe. Inom samma Tarahumara-region ligger också La joya, Santa María de las Cuevas och San Javier Savetó, det senare uppdraget byggt 1640 av fader Virgilio Máez.
När det gäller Tarahumara Alta, som omfattade centrum och norr om denna enhet, började evangeliseringsarbetet av fäderna Tardá, Guadalajara, Celada, Tarkay och Neuman. Uppdrag som ingår i denna region var: Tonachi, Norogachi, Nonoava, Narárachi, Sisoguichi, Carichi, San Borja, Temechí eller Temeichi, Coyachi eller Coyachic, Tomochi eller Tomochic, Tutuaca eller Tutuata, Papigochi, Santo Tomás, Matachi och Tesomachi. I mitten av 1600-talet blev jesuituppdraget Chihuahua det bästa organiserade och administrerade, med undantag för dem i Kalifornien.
På Chihuahuan-territoriet fanns också franciskanernas missionsarbete. Målet för de religiösa var att slutföra den länk som redan fanns i norra Zacatecas, för vilken de grundade kloster i Chihuahua och Durango. Klostren, som Jesuiterna, var tvungna att uppfylla målet att evangelisera de otrogna. De byggda byggnaderna var vår fru från norra, som nu är Ciudad Juárez, San Buenaventura de Atotonilco (Villa López), Santiago Babonoyaba, Parral, Santa Isabel de Tarahumara, San Pedro de los Conchos, Bachiniva eller Bacínava (Our Lady of Födelsekyrkan) ), Namiquipa (San Pedro Alcántara), Carretas (Santa María de Gracia), Julimes, San Andrés, Nombre de Dios, San Felipe el Real de Chihuahua och Casas Grandes.
