Kristningen av yakisen var det som gjorde det möjligt för de religiösa att sprida sig 1609 och trängde in i Sonoras territorium.
Under kolonin motsvarade Sonora endast sluttningarna av Sierra Madre Occidental inom den enhetens gränser. Regionen som sprang norrut från Yaqui-floden, inklusive Real de la Cieneguilla, hette Pimería Baja och den nordligaste regionen från Real till Colorado River - redan i den nuvarande nordamerikanska staten Arizona - hette Pimería Alta.
Det nuvarande Sonoran-territoriet inkluderar också en liten region i sydväst om vad som då kallades Pimería, som ligger i delstaten Chihuahua och Ostimuri, en plats som ligger vid kusten i Kalifornien, mellan floderna Mayo och Yaqui.
År 1614 kristna missionärerna Pérez de Rivas och Pedro Méndez mayaerna i Ostimuri-området och delade uppdraget i tre distrikt: Santa Cruz (vid Mayo-mynningen), Navojoa och Tesia.
Tepahuesna införlivades tillsammans med Cornicaris 1620. Fader Miguel Godínez grundade San Andrés de Cornicari och Asunción de Tepahui uppdrag . Samma år grundades rektoratet San Ignacio, som förutom de fem tidigare nämnda uppdragen inkluderade de Bacúm, Torín och Rahún, som ligger vid mynningen av Yaqui.
År 1617 konverterades yakisen av föräldrarna Pérez de Rivas och Tomás Basilio. Trots lidande uppror, upplopp, plågor och mord var Sonoras omvändelse snabbare och mer konsoliderad. Vid 1600-talet expanderade jesuiterna och grundade uppdraget Maycoba och Yecora i den sydvästra delen av det de kände till som Chínipas.
Uppdrag från Yaqui-floden i norr delades in i fyra rektorer: San Borja grupperade uppdragen från: Cucumaripa och Tecoripa , grundades 1619; Movas och Onovas, 1622; Sahuaripa 1627; Matape 1629; Onapa 1677 och Arivechi , 1727. Rektoratet för de tre heliga martyrerna i Japan som inkluderade Batuco grundades 1627, Oposura 1640 och Bacadeguachi , Guazavas , Santa María Baceraca och San Miguel Bavispe , grundades 1645. Och rektoratet San Javier som integrerade Ures uppdrag 1636; Aconchi, Opodepe och Banámichi 1639; Cucurpe och Arizpe 1648 och Cuaquiárachi 1655.
År 1687 gick missionären Eusebio Francisco Kino in i Pimería Alta och började uppdrag från rektoratet för Nuestra Señora de los Dolores, grundande: Caborca, till vilken Francisco Javier Saeta tilldelades som upprätthåller korrespondens med sitt andliga stöd, fadern Kino; Atil, Tubutama, Our Lady of Sorrows från Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera och Imuris.
Efter jesuiternas utvisning var uppdragen ansvariga för franciskanerna, som inte byggde mer och bara begränsade sig till att försöka bevara de befintliga. När jesuiterna redan hade etablerat bosättningar i Sinaloa och Sonora riktade de blicken mot det kaliforniska territoriet.
