Hidalgo lämnade till Aguascalientes och gick mot Zacatecas. Här bestämdes det att huvudledarna, med de bästa trupperna och pengarna, åkte till USA.
När de väl var på väg togs de till fängelse av royalisterna den 21 mars i Norias del Baján eller Acatita del Baján. Hidalgo fördes till Monclova, därifrån lämnade han den 26 mars genom Alamo och Mapimí och den 23 gick han in i Chihuahua. Sedan bildades processen och den 7 maj togs det första uttalandet. Hidalgos kyrkliga karaktär orsakade att hans process försenades mer än hans följeslagares.
Nedbrytningsstraffen uttalades den 27 juli och den 29 juli avrättades den på Kungliga sjukhuset där Hidalgo fängslades. Krigsrådet fördömde fången att sättas i vapen, inte på en offentlig plats som hans kamrater, och skjuta honom till bröstet och inte till ryggen, och därmed bevara hans huvud. Hidalgo hörde domen lugnt och beredd att dö.
Hans sista dag har beskrivits på följande sätt: ”Tillbaka i fängelset fick han en chokladfrukost, och efter att ha tagit den bad han att han istället för vatten fick ett glas mjölk, som han avslutade med en extraordinär uppvisning av aptit och nöje. En stund senare fick han veta att det var dags att gå till tortyren; han hörde det utan förändring, stod upp och förklarade att han var redo att lämna. I själva verket kom han ut ur den hemska kuben där han befann sig, och efter att ha kommit fram femton eller tjugo steg från den, stannade han ett ögonblick, för att vakten hade vänt honom om något erbjöds honom att göra sig av med det sista; På detta svarade han att ja, han ville att de skulle ge honom några sötsaker som han hade lämnat på sina kuddar: de tog verkligen med dem, och efter att ha fördelat dem bland samma soldater som skulle sätta eld på honom och marscherade bakom honom uppmuntrade han och tröstade dem med sin förlåtelse och hans sötaste ord att göra sitt jobb; Och eftersom han visste mycket väl att han hade blivit beordrad att inte skjuta huvudet, och han fruktade att han skulle drabbas mycket, för det var fortfarande skymning och föremålen sågs inte klart, avslutade han med att säga: ”Den högra handen som jag ska lägga på mitt bröst kommer att vara , mina barn, det säkra målet som du måste gå till ”.
”Tortyrbänken hade placerats där i en inre korral på den hänvisade skolan, till skillnad från vad som gjordes med de andra hjältarna, som avrättades på torget bakom byggnaden och där monumentet finns idag. som påminner oss om honom och det nya köpcentret som bar hans namn; och när Hidalgo kände till den plats till vilken han riktade sig, marscherade han med ett fast och fridfullt steg, och utan att låta ögonen bli ögonbindel och bad med en stark och brinnande röst psalmen Miserere me; Han anlände till byggnadsställningen, kysste honom med avgång och respekt, och trots en slags bråk som inte fick honom att sitta med ryggen vänd, tog han sätet mot framsidan, han lade handen på sitt hjärta, han påminde soldaterna om att detta var punkt där de skulle skjuta honom, och ett ögonblick senare exploderade urladdningen av fem gevär, varav ett effektivt genomborrade högerhanden utan att skada hjärtat. Hjälten, nästan impassiv, ansträngde sin bön, och deras röster tystades när ytterligare fem gevärmunstycken sprängdes igen, vars kulor, som passerade kroppen, bröt banden som band honom till bänken och mannen föll i en blodsjö, han hade ännu inte dött; ytterligare tre kulor var nödvändiga för att avsluta den värdefulla existensen, som hade respekterat döden i mer än 50 år. "
Hans huvud, tillsammans med Allende, Aldama och Jiménez, placerades i järnburar i hörnen av Alhóndiga de Granaditas i Guanajuato. Kroppen begravdes i tredje ordningen i San Francisco de Chihuahua, och 1824 fördes stammen och huvudet till Mexiko för att begravas med stor högtidlighet.
