Koloniseringen av dessa avlägsna länder uppnåddes tack vare den orubbliga viljan och det outtröttliga arbetet hos en grupp jesuitmissionärer som, medvetna om att erövrarna inte hade kunnat underkasta ursprungsbefolkningen, beslutade att föra evangeliet till dem och därmed uppnå med ordet vad som inte hade uppnåtts med vapen.
Det var alltså så att i slutet av 1600-talet, under den entusiastiska initiativet från jesuiten Eusebio Kino, som fick tillstånd från de spanska myndigheterna att inleda expeditionen av amiral Isidro Atondo y Antillón, anlände missionärerna till det som då tros vara en ö, för att evangelisera sina otämnda invånare. För att bevilja tillstånd hade kronan gjort det till ett villkor att erövringen genomfördes i Spaniens kung och att missionärerna själva erhöll resurser för att genomföra åtagandet.
Det första uppdraget, Santa María de Loreto, grundades 1697 av fader José María Salvatierra, som hade varit i Tarahumara, och som fader Kino föreslog att utföra det stora arbetet. Santa María de Loreto var i mer än hundra år Kaliforniens politiska, ekonomiska och religiösa huvudstad.
Under de närmaste tre fjärdedelarna av seklet grundade missionärerna en kedja av arton fantastiska fästningar, förbundna med den så kallade "kungliga vägen" som de själva byggde och förbinder regionen Los Cabos, på södra halvön, till den nuvarande gränsen med vår granne i norr; Detta var möjligt eftersom bland missionärerna fanns kapellaner med kunskap om konstruktion och hydraulik.
Av dessa formidabla konstruktioner överlever vissa i perfekt skick, såsom San Ignacio, en av de vackraste och bäst bevarade, byggd av fader Juan Bautista Luyando 1728; San Francisco Javier, grundad 1699, som bestod av ett ödmjukt adobekapell och ett prästhus byggt av Fray Francisco María Piccolo; den nuvarande byggnaden byggdes 1774 av fader Miguel Barco, och på grund av dess vackra arkitektur har den ansetts "juvelen till Baja California Sur"; Santa Rosalía de Mulegé, som grundades 1705 av fader Juan María Basaldúa, 117 kilometer norr om Loreto, var en av de bäst belägna, eftersom den byggdes i en oas vid havet.
Uppdragen kombinerade arkitekturens skönhet och dekorationens rikedom med en praktisk miljö, vilket gjorde det möjligt att etablera permanenta bosättningar runt dem. Missionärerna evangeliserade inte bara aboriginerna utan lärde dem att göra öknen fruktbar med dadelpalmer; de introducerade boskap och odling av majs, vete och sockerrör; De lyckades få landet att producera fruktträd som avokado och fikon, och för att uppfylla de religiösa ritualerna som krävde vin och olja fick de tillstånd att odla vinstocken och olivträdet, vilket var förbjudet i resten av det nya Spanien, och tack vare detta idag produceras utmärkta viner och olivolja i regionen. Och om allt detta inte räckte, introducerade de också de första rosbuskarna som blomstrade i dessa länder och som idag pryder parkerna och trädgårdarna på hela halvön.
