De arkeologiska resterna av Ixtépete, ett ceremoniellt centrum nära staden Guadalajara i kommunen Zapopan och de senaste fynden av mer än tjugo skaftgravar i Atemajac-dalen, gör att vi kan dra slutsatsen att det fanns viktiga yrken under den klassiska perioden (200 BC-650 AD)
Strax före erövringen bebodes dalen till största delen av grupper av Cocas och Tecuexes, samlade i små byar som var beroende av Tonallans herravälde, som skickades in utan mycket motstånd av Nuño Beltrán de Guzmán 1530.
I slutet av året därpå genomförde Guzmán erövringen mot norr, och anförtrodde Juan de Oñate att korsa ravinen i Santiago-floden och så långt som möjligt men med försiktighet hittade en spansk befolkning utan att utsätta sig själv. Således grundades Guadalajara den 5 januari 1532 i närheten av Nochistlán, i dagens Zacatecas.
Förhållandena negativa för bosättarna orsakade överföringen av denna stad till Tonalá, men vistelsen där var kortvarig och strax efter latinamerikanerna bosatte sig nära Tlacotan, där de stannade fram till 1541. det satte allvarlig fara i spanskt herravälde, det kom fram till Guadalajara-området. Med upproret "av eld och blod" av den mäktiga armén under ledning av underkonge Antonio de Mendoza nådde staden fred men lämnades utan inhemskt arbete, så på jakt efter den bestämde de sig för att flytta befolkningen och hitta tillräcklig Valle de Atemajac, där den sista och slutgiltiga grunden grundades den 14 februari 1542. Senare bekräftades nyheten att kungen nästan tre år tidigare hade beviljat staden stadens rang och privilegier.
År 1546 skapade påven Paul III biskopsrådet i Nueva Galicia och 1548 grundades Audiencia med samma namn; Huvudkontoret för båda jurisdiktionerna var, ursprungligen i Compostela, Tepic, tills 1560 dess ändring till Guadalajara beordrades, vilket gjorde det till den rättsliga chefen för det stora territoriet som sedan kallades Audiencia i Guadalajara, huvudstaden i kungariket Nueva Galicia och säte av biskopsrådet. Eftersom varje spansk stad drogs som ett schackbräde från det som var San Fernando-torget och också som vanligt, lämnades de inhemska stadsdelarna Mexicaltzingo, Analco och Mezquitán utanför planen. Evangeliseringsprocessen startades av fransiskanerna, följt av augustinierna och jesuiterna.
Gradvis, med svårigheter och bakslag men också med framgångar, växte Guadalajara och etablerade sig som ett ekonomiskt och maktcentrum, så mycket att i mitten av 1700-talet ville ett betydande antal förmögna människor från Guadalajara vilja att Nueva Galicia med Nueva Vizcaya skulle integrera en helt utländsk underkunglighet. till Nya Spanien, ett mål som inte uppnåddes på grund av de politiskt-administrativa reformerna 1786 som modifierade den territoriella strukturen som delade upp hela vicekonjunkturen i 12 kommuner, varav en var Guadalajara.
Under kolonin, särskilt på 1700-talet, lämnade den ekonomiska högkonjunkturen ett arkitektoniskt, kulturellt och konstnärligt arv, vars vittnesmål fortfarande finns kvar i hela staden.
De självständiga luftarna som sprang över hela Nya Spaniens territorium trängde in i Jalisco, så att när självständighetskriget bröt ut i olika delar av kommunen fanns uppror.
Den 26 november 1810 kom Don Miguel Hidalgo, som befallde en stor armé, in i Guadalajara och togs emot av José Antonio Torres, som strax tidigare hade tagit staden. Hidalgo utfärdade här ett dekret om att avskaffa slaveri, stämplat papper och alcabalas och sponsrade trycket av den upproriska tidningen El Despertador Americano.
Den 17 januari 1811 besegrades rebellerna på Calderón-bron och de royalistiska trupperna i Calleja återhämtade Guadalajara, under antagande att kommandot José de la Cruz, som tillsammans med biskop Cabañas förintade alla uppror.
Proklamerade självständighet 1821, den fria och suveräna staten Jalisco uppfördes och lämnade Guadalajara som huvudstad för staten och makten.
Den instabilitet som rådde under nästan hela 1800-talet i landet, förvärrad av utländska invasioner, gjorde det svårt, men hindrade inte staten och särskilt i dess huvudstad från att fortsätta utvecklingen i olika ordningar. Påtagliga exempel är: under andra kvartalet, skapandet av Institute of State Sciences; byggandet av konsthantverkshögskolan, den botaniska trädgården, fängelsestugan och Betlehem Pantheon, liksom öppnandet av de första fabrikerna.
I början av åttiotalet uppstod urbana spårvagnar av djurkörning, det elektriska ljuset installerades 1884, 1888 anlände den första järnvägen i Mexiko och Manzanillo 1909. På 90-talet grundade Don Mariano Bárcena Astronomical Observatory och Industrimuseet.
Under revolutionen, i Guadalajara, förekom vissa uppror mot Díaz-diktaturen, såsom arbetarnas strejker och studentprotester, och Madero mottogs till och med 1909 och 1910 med stora uttryck för sympati. Emellertid fanns det inga krigförande händelser i efterdyningarna. Å andra sidan drabbades huvudstaden i Guadalajara av en typ av stagnation som slutade 1930 när den fred som bröts av Cristeros-kriget överenskommits och började en önskan om modernisering som inte har upphört.
Se även Colonial Cities: Guadalajara, Jalisco
