Född i Como, Italien år 1702 med ädel födelse. I Spanien, dit han anländer för att fly från kriget i Österrike, får han breda befogenheter att samla in pensionen från efterkommorna till Moctezuma i de kungliga Cajas i Mexiko.
Han reste till Nya Spanien 1736. Under de åtta år av sin vistelse ägde han sig åt att undersöka uppenbarelserna av Jungfruen av Guadalupe och samlade in betydande grafiskt och piktografiskt material. Det främjar kröningen av Guadalupan-bilden, vilket orsakar misstro mot de underjordiska myndigheterna. Han fångas och hans samling är avskalad. Månader senare, efter att ha deporterats till Spanien, åker han ut på ett skepp som faller i händerna på piraterna som överger honom i Gibraltar.
Med stora verk anlände han till Spanien och kom i kontakt med samlaren Mariano Fernández de Echeverríay Veytia som uppnådde sitt frifinnande genom att utses till Royal Chronicler of the Indies, en position som Boturini avvisade för att ägna sig åt att skriva om urbefolkningens historia. Även om han aldrig återhämtar sin samling, skrev han katalogen över Indian Museum om den. Hans arbete är mycket originellt och väldokumenterat. Han dog i Madrid på ett osäkert datum, mellan 1750 och 1755.
