Med bara tre eller fyra månaders regn om året kunde Colima uppfylla de nödvändiga förutsättningarna för människolivet tack vare de många strömmarna som kommer från de högre delarna av Volcán de Fuego. Bevis visar att människan bosatte sig i denna dal omkring 1500 f.Kr.
Kulturen som kallas Complejo Capacha var jordbruks- och stillasittande samhällen som gav upphov till den berömda traditionen med axeltombar: bårhuskammare där rika erbjudanden deponerades och som nås genom en vertikal och rund axel från 1.20 till 1.40 m i diameter. I rekreationscentret Tampumachay, i staden Los Ortices, finns det tre gravar med den ursprungliga skaftet och valven, och inuti en serie stenfartyg och verktyg som erbjuds de döda.
När religionen hade större vikt i den sociala organisationen, från 600 e.Kr., började ceremoniella utrymmen byggas från torg, avgränsade gårdar och rektangulära plattformar med stora dimensioner. De mer arkitektoniskt komplexa bosättningarna utvecklades först efter 900 e.Kr.
Platsen som bäst representerar denna etapp är La Campana. Det är en stor bosättning - dess ceremoniella område översteg 50 hektar - med en följd av rektangulära plattformar. Högst upp på dessa plattformar finns områden som troligen är relaterade till lagring av spannmål. Det finns också komplexa bostadssystem som utan tvekan måste ha ockuperats av civila och religiösa ledare.
Två aspekter sticker ut på den här webbplatsen: placeringen av skaftgravar integrerade i ceremoniella utrymmen och förekomsten av ett komplext nätverk av dränering och vattenledningar.
En annan viktig arkeologisk plats i Colima är El Chanal, som ligger cirka 6 km norr om staden, som måste ha haft en maximal förlängning på 200 hektar. Eftersom den sträckte sig till båda stränderna vid floden Colima är den känd som El Chanal Este och El Chanal Oeste. Det senare, även om det inte har undersökts fullständigt, visar en tydlig komplexitet, eftersom det har gårdar, torg, strukturer, kanaler och gator. El Chanal Este, å andra sidan, förstördes till stor del eftersom den moderna staden som bär sitt namn grundades på dess ruiner.
Undersökningarna visar att det på platsen finns vägledande inslag i det dubbla templet, begreppet bänkaltare och altare-plattformar av små dimensioner, samt ett stort antal bulkskulpturer, gravyrer och stenreliefer; siffror relaterade till Xantiles; polykrom keramik som bildar konturer av örnar och fjädrar ormar; och slutligen metall. Men det mest framstående med denna kultur är närvaron av det urbana fenomenet och kalenderns existens.
