Byggd i sluttningarna av kullarna, var stadsstrukturen i denna stad tvungen att anpassa sig till de topografiska aspekterna av terrängen, men försökte respektera en retikulär form som ett schackbräde.
På lång sikt gjorde denna aspekt det möjligt att växa på ett uppmätt och harmoniskt sätt, vilket under århundradena har bevarat sin ursprungliga karaktär. Grunden härrörde från behovet av att skydda och skydda resenärer som passerade mellan Zacatecas och huvudstaden i det dåvarande kungariket Nya Spanien, som främst transporterade mineraler och som belägrades av de inhemska nomaderna i Chichimeca-nationen. Runt år 1542 Fray Juan de San Miguel etablerade i närheten av den nuvarande staden en stad med namnet Itzcuinapan, som ägnade ärkeängeln San Miguel som skyddshelgon. Den primitiva befolkningen hade allvarliga problem med vattenförsörjningen, förutom de kontinuerliga och våldsamma attackerna från de inhemska Chichimecas i de omgivande regionerna. Av denna anledning flyttade invånarna i Villa de San Miguel bosättningen några kilometer i nordost; det var den plats där Villa de San Miguel el Grande grundades av Don Ángel de Villafañe år 1555 på begäran av underkungen Don Luis de Velasco. Viceroyen krävde också att spanska grannar bosatte sig där, som skulle beviljas mark och boskap, medan de urbefolkningar som bodde i det skulle förlåtas hyllningen och skulle styras av sina egna chefer för att undvika framtida uppror.
Den 8 mars 1826 gjorde statskongressen den till en stad och bytte namn, som hädanefter skulle vara San Miguel de Allende, till ära för den berömda upproret som föddes där 1779.
Inuti denna attraktiva koloniala bild är flera verkligt anmärkningsvärda palats inrymda. Bland de mest framstående är kommunalpalatset, tidigare rådhuset som byggdes 1736. Huset där Ignacio Allende föddes, ett exempel på stadens barockarkitektur, särskilt på dess fasad, och som för närvarande är Regional Museum. Casa del Mayorazgo de la Canal, med en vacker nyklassisk fasad, färdigställdes mot slutet av 1700-talet av José Mariano de la Canal y Hervas, rådmann, dekan och kunglig ensign. Det gamla herrgården till Don Manuel T. de la Canal, en konstruktion från 1735 som renoverades enligt ett projekt av den berömda spanska arkitekten Don Manuel Tolsá 1809; Byggnaden rymmer för närvarande Allende-institutet och det lyfter fram bredden på dess uteplatser, ett vackert kapell och dess extraordinära bågar. Inkvisitorns hus, som fungerade som bostad för kommissionären vid det heliga kontoret och är från 1780. Huset av Marqués de Jaral de Berrio, byggt i slutet av 1700-talet, och det av greven i Loja med sin eleganta fasad.
När det gäller religiös arkitektur har staden också arkitektoniska skatter av extraordinärt värde, såsom kyrkan och klostret Santo Domingo, en nykter byggnad från 1737. Klostret Leal de la Concepción, som för närvarande är kulturcentret, Det är en anmärkningsvärd byggnad för sin enorma uteplats; Det byggdes på 1700-talet av arkitekten Francisco Martínez Gudlño.
Kapellet i Santa Cruz del Chorro, en av de äldsta; tredje ordningens tempel från tidigt 1600-tal. Den vackra ensemblen i templet och oratoriet i San Felipe Neri, från tidigt 1700-tal; kyrkan har en sprudlande barockfasad gjord i rosa stenbrott och dekorerad med ett starkt inhemskt inflytande. Dess interiör har en varierad och rik dekoration mellan möbler, skulpturer och målningar som är värda att beundra, förutom det fantastiska kapellet i Santa Casa de Loreto och dess Camarín de la Virgen, båda utsökt inredda och som beror på markisen Manuel hängivenhet Tomás de la Canal. Nära oratoriet ligger templet Our Lady of Health, byggt på 1700-talet med sin infällda fasad som är kronad av ett stort skal.
San Francisco-templet, från 1700-talet, med dess vackra Churrigueresque-fasad är också bland de mest attraktiva i staden, och den berömda församlingen är nästan en symbol för San Miguel de Allende; Även om dess neo-gotiska stilkonstruktion är nyare, byggdes den på strukturen i det gamla 1600-talets tempel, med full respekt för dess interiör och dess ursprungliga plan.
Mycket nära staden ligger fristaden Atotonilco, en konstruktion från 1200-talet i nykter proportioner som ser ut som en fästning och i vilken värdefulla målningar från samma århundrade bevaras.
